针对机关单位违反《中华人民共和国保守国家秘密法》（以下简称“保密法”）规定，发生重大泄密案件的情况，处理措施是严格且全面的。以下是对此类情况处理流程的详细解答：
首先，要明确的是，一旦机关单位违反保密法规定，导致重大泄密案件发生，法律将严肃追究相关责任人的法律责任。这包括直接负责的主管人员和其他直接责任人员。这些人员将根据其违法行为的性质和后果，依法受到相应的处分。
具体来说，处理流程如下：
依法调查：当发生重大泄密案件时，相关机关将立即启动调查程序，对案件进行全面、深入的调查。调查过程中，将收集证据，查明事实，确定责任人员。
确定责任：在调查的基础上，将明确哪些人员是直接负责的主管人员，哪些人员是其他直接责任人员。这通常包括负有直接领导责任的机关、单位负责人，以及直接参与泄密行为的人员。
依法处分：根据调查结果，对确定的责任人员依法进行处分。处分的种类和程度将根据其违法行为的性质和后果来决定，可能包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
督促纠正：如果机关单位对违反保密规定的人员没有依法给予处分，保密行政管理部门将建议其纠正。对拒不纠正的，保密行政管理部门将提请其上一级机关或者监察机关对该机关、单位负有责任的领导人员和直接责任人员依法予以处理。
追究刑事责任：如果责任人员的行为构成犯罪，将依法追究其刑事责任。这通常涉及更严重的违法行为，需要由司法机关进行审理和判决。
此外，保密法还广泛规定了其他相关违法行为的法律责任，如网络运营者、从事涉密业务的企业事业单位以及保密行政管理部门工作人员的违法行为等，都将受到法律的制裁。
综上所述，机关单位违反保密法规定发生重大泄密案件的处理流程是严格且全面的，旨在确保国家秘密的安全，维护国家的整体利益和安全。同时，这也提醒所有机关单位和人员要严格遵守保密法规，切实履行保密义务。