排除妨害纠纷的反诉案由可以是与原告提出的排除妨害请求相关的、被告认为原告行为构成侵权或其他不当之处的独立反请求。

具体来说，在排除妨害纠纷中，如果被告认为原告的主张没有依据，并且被告有相应的事实和理由能够表明原告的行为对被告构成了侵权或者其他不当之处，比如原告自身存在违约或者侵权行为才致使所谓“妨碍”情况被误判等，那么被告就可以向原告提起反诉。反诉需要满足民事诉讼法中关于起诉的一般条件，包括有明确的被告、具体的诉讼请求以及事实和理由，并且属于受诉法院的管辖范围等。

例如，如果原告起诉被告要求排除对某块土地的妨害，而被告认为原告对该土地并没有合法的使用权，反而是原告的行为侵犯了被告的合法权益，那么被告就可以在诉讼过程中向原告提起反诉，要求确认原告对土地的无权使用，并要求原告赔偿因此给被告造成的损失。

在提起反诉时，被告需要明确指出反诉的案由、事实和理由，并提供相应的证据来支持自己的主张。法院会根据双方提供的证据和法律规定，对反诉进行审理，并作出相应的判决。

综上所述，排除妨害纠纷的反诉案由应当是基于与原告诉讼请求有牵连的、被告认为原告行为构成侵权或其他不当之处的独立反请求。