在侵犯知识产权刑事案件中，被告人已主动赔偿被侵权单位的损失，这一行为对其违法所得的认定和处理确实会产生一定影响，但并不能直接决定违法所得的数额或性质。以下是对这一问题的详细分析：

1. 违法所得的认定：

   • 违法所得是指被告人通过实施犯罪行为所获得的财物或利益。在侵犯知识产权刑事案件中，违法所得通常包括被告人通过销售侵权产品、提供侵权服务等所获得的收入。
   • 被告人主动赔偿被侵权单位的损失，并不改变其违法所得的数额。违法所得的数额应根据被告人实际获得的利益来认定，而不是根据其后续是否赔偿来调整。

2. 赔偿对量刑的影响：

   • 虽然赔偿不能改变违法所得的数额，但被告人主动赔偿被侵权单位的损失，可以作为其认罪态度良好、有悔罪表现的一种体现。
   • 在量刑时，法院可能会考虑被告人的赔偿行为，将其作为从轻处罚的一个情节。但这并不意味着赔偿可以替代或减轻其犯罪行为的法律责任。

3. 法律建议：

   • 对于被告人来说，主动赔偿被侵权单位的损失是一种积极的态度，有助于缓解双方矛盾，也可能对量刑产生一定影响。
   • 但同时，被告人也应清楚认识到，赔偿并不能替代或减轻其犯罪行为的法律责任。在面临刑事指控时，应积极配合调查，如实供述自己的罪行，争取从宽处理。

综上所述，在侵犯知识产权刑事案件中，被告人已主动赔偿被侵权单位的损失，这一行为虽然不能直接改变其违法所得的数额，但可以作为其认罪态度良好、有悔罪表现的一种体现，在量刑时可能得到法院的考虑。如果你或你身边的人面临类似问题，建议尽早咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律权益和义务。