关于社区签订协议由谁来合法性审查的问题，这主要取决于具体的地区政策和工作机制。不过，我可以结合一些通用的做法和提供的参考信息，给出一个较为全面的解答。

一般来说，社区签订协议的合法性审查会遵循一定的层级和程序。首先，村（社区）两委负责人通常是本村（社区）合法性审查工作的第一责任人，他们负责将合法性审查程序纳入村（社区）两委议事规则，并确保凡是纳入审查事项目录清单的事项都进行合法性审查。

在具体的审查过程中，法律顾问往往扮演着重要角色。对于纳入审查事项目录清单的事项，原则上会由法律顾问进行合法性审查。他们会在规定的时间内完成审查，并出具《合法性审查意见书》反馈至村（社区）。

此外，根据事项的复杂程度和金额大小，审查可能会进一步升级。例如，在某些地区，如永嘉县，对于标的额5万元以上（含本数）的涉法事项及村（社区）提交的疑难复杂事项，会由驻村（社区）干部通过相关应用提交至乡镇（街道）合法性审查中心协助审查。而对于标的额更大或更为重大疑难复杂的事项，乡镇（街道）合法性审查中心可能还会进一步提交至县级合法性审查中心进行会商研判。

除了上述层级化的审查机制外，一些地区还探索了其他创新模式。比如海宁市马桥街道就建立了“法治审查员+法律顾问+企业法务”的三级联审机制，以政企双视角对涉企政策条款进行“双重体检”，从源头避免政策执行争议。

综上所述，社区签订协议的合法性审查通常涉及多个层级和角色，包括村（社区）两委负责人、法律顾问、乡镇（街道）合法性审查中心以及可能的县级合法性审查中心等。具体的审查流程和责任分配会根据地区政策和实际情况有所不同。因此，在实际操作中，建议咨询当地相关部门或法律顾问以获取最准确的信息和指导。