针对您提出的“合同双方三次签订文件变更管辖约定，如何判断管辖”的问题，以下是我的详细解答：

核心结论：在判断合同双方三次签订文件变更管辖约定的情况下，应首先审查每次变更的合法性和有效性，然后依据最新的有效管辖约定确定管辖法院。若存在冲突或无效情形，则需根据法律规定或相关司法解释进行综合判断。

1. 审查每次变更的合法性和有效性：

   • 书面形式：确认每次变更管辖约定是否均以书面形式作出，因为根据《民事诉讼法》的规定，管辖约定通常要求书面形式。
   • 双方合意：审查每次变更是否均经双方协商一致，且未违反法律强制性规定。
   • 明确性：确保每次变更的管辖约定均明确、具体，能够确定唯一的管辖法院。

2. 依据最新的有效管辖约定确定管辖法院：

   • 在确认每次变更均合法有效的前提下，应依据双方最后一次签订的管辖约定来确定管辖法院。
   • 若最后一次变更的管辖约定与之前的不同，则以最后一次的为准。

3. 处理冲突或无效情形：

   • 冲突处理：若多次变更的管辖约定之间存在冲突，应优先适用双方最新且明确表达的管辖约定。
   • 无效处理：若某次变更的管辖约定因违反法律强制性规定或存在其他无效情形而被认定无效，则应排除该无效约定，依据其他有效约定或法律规定确定管辖法院。

4. 特殊情形的考虑：

   • 专属管辖：若合同涉及专属管辖的情形（如不动产纠纷、港口作业纠纷等），则无论双方如何变更管辖约定，均应遵循专属管辖的规定。
   • 级别管辖：变更管辖约定时，还需注意级别管辖的规定，确保所选法院具有相应的管辖权。

综上所述，判断合同双方三次签订文件变更管辖约定的情况下的管辖法院，需综合考虑每次变更的合法性和有效性、最新的有效管辖约定以及可能存在的冲突或无效情形。若您在具体案件中遇到此类问题，建议详细审查相关文件，并依据上述原则进行综合分析。