毕业生就业协议书一般是不允许涂改的。就业协议书是明确毕业生、用人单位、学校在毕业生就业工作中权利和义务的重要法律文件，具有法律约束力，并且它是解决应届毕业生户籍、档案、社会保险、公积金等问题的依据。因此，在填写时就需要非常谨慎，确保信息的准确性与一致性。

如果不慎填错，一般的处理办法是找毕业生的辅导老师咨询补办事宜，但是学校不一定给予补办。由于就业协议书是一式四联，可以尝试拿着另外一份去复印。如果学校有特殊规定，或者就业协议有编码，也可以向学校老师申请重新拿一份新的就业协议书。

在特殊情况下，如果是小错误且三方（毕业生、用人单位、学校）协商一致，并在涂改处签字或盖章确认，这种修改可能被接受。但这样的操作需要非常谨慎，并且尽量避免。因为未经三方同意或不符合规定的涂改，可能会导致协议无效，给后续的手续办理带来麻烦，甚至引发法律纠纷。

总的来说，毕业生在填写就业协议书时，一定要认真仔细，避免出错。如果不慎填错，应尽快与学校、用人单位沟通协商，采取合适的补救措施。千万不要擅自涂改，以免影响协议的法律效力和各方的权益。