工程竣工验收有不合格项目，则该工程不能算作合格。以下是对此问题的详细分析：

一、明确结论

工程竣工验收是确保工程质量的重要环节，若验收过程中发现不合格项目，则整个工程不能视为合格。必须待不合格项目得到整改并重新验收合格后，才能出具整体的工程合格证明。

二、法律依据

根据《北京市建设工程质量条例》等相关法律法规，工程竣工验收应当形成经建设、勘察、设计、施工、监理等单位项目负责人签署的工程竣工验收记录，作为工程竣工验收合格的证明文件。若施工单位在工程竣工验收中将不合格工程按照合格验收，将面临责令改正、罚款等行政处罚。

三、不合格项目的处理

1. 修复整改：对于验收中发现的不合格项目，施工单位应按照相关标准和要求进行修复或整改，直至达到合格标准。
2. 重新验收：修复整改完成后，应重新组织验收，确保所有项目均符合合格标准。
3. 费用与责任：因不合格项目导致的修复费用及延误工期等损失，应由责任方承担。同时，若因不合格项目引发法律纠纷，责任方还需承担相应的法律责任。

四、对责任主体的影响

1. 施工方：需承担修复费用、延误工期损失及可能的法律责任，对企业信誉也会造成一定影响。
2. 建设方：需协调各方共同推动整改工作，确保工程达标。若因监督不力导致工程质量问题，也需承担一定责任。
3. 监理方：如未严格履行监理义务，需承担相应责任，可能面临建设单位索赔和行业主管部门处罚。

五、总结与建议

工程竣工验收不合格将严重影响工程进度、责任主体利益及法律后果。因此，各责任主体应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程质量达标。在出现不合格情况时，应积极采取措施进行整改，并妥善处理由此产生的纠纷和责任。通过加强监管、提高施工质量意识、完善合同条款等方式，可以有效预防工程竣工验收不合格情况的发生。

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