针对您提出的问题，关于机关、单位违反保密法规定，发生重大泄露国家秘密案件的处理方式，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当机关、单位违反保密法规定，导致重大泄露国家秘密案件发生时，必须依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行严肃处理。这种处理通常包括给予行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职乃至开除等，具体处分等级会根据泄露秘密的严重程度、影响范围以及责任人员的过错程度等因素来确定。

对于不适用行政处分的人员，如非公务员或公职人员，保密行政管理部门将督促其主管部门采取相应的处理措施，确保责任得到追究。

此外，如果泄露国家秘密的行为构成犯罪，那么相关责任人员还将依法被追究刑事责任。这意味着他们可能会面临刑事起诉、审判以及相应的刑罚，如有期徒刑、拘役等。

除了对直接责任人员的处理外，机关、单位本身也需要承担相应的责任。单位应当深刻反思泄密事件发生的原因，查找漏洞，加强保密管理，完善保密制度，并加强对员工的保密教育和培训，以防止类似事件再次发生。

总的来说，对于机关、单位违反保密法规定导致重大泄露国家秘密案件的处理，既包括对直接责任人员的行政和刑事处理，也包括对单位本身的整改和追责。这样的处理方式旨在维护国家秘密的安全，保障国家的安全和利益不受损害。