员工违反保密义务的诉讼案由应为劳动争议纠纷。以下是对此结论的详细分析：

一. 案由的确定

1. 基于劳动合同关系：员工与用人单位之间签订有劳动合同，其中明确约定了保密义务。当员工违反这一义务时，实际上是对劳动合同约定的违反，因此产生的纠纷首先应考虑为劳动争议纠纷。
2. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违反劳动合同中约定的保密义务给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。这一条款明确了违反保密义务的法律后果，也印证了此类纠纷属于劳动争议的性质。

二. 劳动争议纠纷的处理程序

1. 仲裁前置：根据劳动争议处理的相关规定，劳动争议案件应先经过劳动仲裁程序，对仲裁裁决不服的，才能向人民法院提起诉讼。因此，员工违反保密义务的纠纷，作为劳动争议纠纷，也应遵循这一程序。
2. 管辖机构：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释的规定，劳动争议案件应由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。因此，在提起仲裁时，应明确选择正确的管辖机构。

三. 实际案例的参考

在实际案例中，如(2018)粤01民终18264号、(2019)浙07民特117号等案件，法院均认为员工违反保密义务的纠纷属于劳动争议纠纷，应遵循仲裁前置的规则。这些案例为处理此类纠纷提供了明确的指导。

综上所述，员工违反保密义务的诉讼案由应为劳动争议纠纷，并应遵循劳动争议纠纷的处理程序，即先经过劳动仲裁程序，对仲裁裁决不服的再向人民法院提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。