如果人事代理合同丢失了，是可以重新补办的，因此一般不会影响办理档案业务。具体的补办程序如下：

1. 单位《人事代理合同书》及《单位人事代理立户委托书》遗失：

   • 需要提供单位补办介绍信；
   • 在市级以上报纸刊登遗失声明。

2. 个人《人事代理合同书》遗失：

   • 需要持本人身份证原件及复印件进行补办。

通常情况下，补办时限为正常工作日随到随办。所以，如果你的人事代理合同丢失了，按照上述程序进行补办即可，补办完成后即可正常办理档案业务。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。