公司跑路，工资从货款抵扣是违法的。

首先，公司跑路即公司未经清算或破产程序而擅自关闭、停业或消失，这本身就已经违反了相关的法律法规，损害了员工的合法权益。在这种情况下，员工有权要求公司支付欠付的工资。

其次，工资是员工提供劳动后应得的报酬，是员工的合法权益，受到法律的保护。货款则是公司与客户之间因买卖关系而产生的应收款项，与员工的工资是两个完全不同的法律概念。将员工的工资从货款中抵扣，实际上是在混淆了两个不同的法律关系，侵犯了员工的合法权益。

最后，根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司应当按时足额支付员工的工资，不得以任何理由拖欠或克扣。如果公司确实无法支付工资，应当按照法律规定的程序进行清算或破产，并优先支付员工的工资等劳动报酬。

因此，公司跑路后，员工有权要求公司支付欠付的工资，并且不能从货款中抵扣。如果公司拒绝支付或无法支付，员工可以向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。