针对“地铁不合格，运营局罚款是否合理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，要明确“地铁不合格”具体指的是什么。从您提供的信息来看，可能涉及到的是地铁运营单位未按照相关规定建立设施设备检查、检测评估、养护维修、更新改造制度和技术管理体系，或者存在其他危害地铁运营安全的行为。这些都是违反《城市轨道交通运营管理规定》或相关地方性法规（如《绍兴市城市轨道交通管理条例》）的行为。
其次，关于罚款的合理性，我们需要考虑以下几个方面：
法规依据：运营局对地铁运营单位进行罚款，必须有明确的法规依据。从您提供的信息来看，《城市轨道交通运营管理规定》及《绍兴市城市轨道交通管理条例》等法规都明确规定了运营单位应当履行的义务和违反规定应承担的法律责任，包括罚款。
罚款标准：罚款的合理性还体现在罚款标准的设定上。法规通常会根据违法行为的性质、情节和后果等因素，设定不同的罚款标准。例如，对于未建立设施设备检查、检测评估等制度的行为，根据违法程度的不同，罚款金额也会有所差异。这种分级处罚的做法体现了罚款的公正性和合理性。
执法程序：运营局在罚款前，必须按照法规规定的程序进行执法，包括调查取证、告知当事人权利、听取当事人陈述申辩等。如果执法程序存在瑕疵，那么罚款的合理性也会受到质疑。
综上所述，如果地铁运营单位确实存在违反法规规定的行为，且运营局按照法规规定的程序进行了执法，并依据法规设定的罚款标准进行了处罚，那么运营局的罚款行为就是合理的。当然，如果当事人对罚款决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。