虚开发票犯罪数额的判定，通常是以票面金额（即不含税的金额）还是价税合计（即含税的总金额），这主要取决于具体的法律规定和案件性质。以下是对此问题的详细解答：
一、虚开增值税专用发票
对于虚开增值税专用发票的情况，犯罪数额的判定主要关注的是税款数额，而非票面金额或价税合计。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票税款数额达到一定标准（如五万元以上）即可能构成犯罪。这里的“税款数额”是指发票上载明的税额，是计算犯罪数额的关键。
二、虚开发票罪（非增值税专用发票）
对于虚开除增值税专用发票外的其他发票的情况，犯罪数额的判定可能涉及票面金额或价税合计，具体取决于法律条文的表述和司法实践。一般来说，如果法律条文明确规定了“虚开金额”，则通常指的是票面金额；如果条文表述为“价税合计”或类似表述，则犯罪数额的判定会包含税额部分。
在您提供的参考信息中，济南永彦农业种植有限公司虚开增值税普通发票的案件，虽然提到了“价税合计990.93万元”，但并未明确指出这是判定犯罪数额的唯一依据。实际上，在司法实践中，法院会根据具体案情、法律条文以及司法解释来综合判断犯罪数额。
三、总结与建议
严格遵守税法：无论票面金额还是价税合计，虚开发票都是严重的违法行为，会扰乱税收征管秩序，侵害国家税收权益。因此，企业和个人在经济活动中应严格遵守税法规定，确保发票的真实性和合规性。
了解法律规定：对于不同类型的发票和不同的虚开行为，法律规定和刑罚标准可能有所不同。建议企业和个人在涉及发票业务时，务必了解相关法律法规和司法解释，以避免不必要的法律风险。
咨询专业人士：在面临具体的法律问题时，建议咨询专业的税务律师或法律顾问，以获取准确、专业的法律意见和帮助。