利害关系人不能直接申请注销权利人超过二十年的不动产登记。下面我将对此进行详细分析：

一. 利害关系人的权利与注销登记的流程

1. 利害关系人的查询权：根据《中华人民共和国民法典》第二百一十八条，权利人、利害关系人可以申请查询、复制不动产登记资料，登记机构应当提供。这表明利害关系人有权了解不动产登记的相关情况，但并未赋予其直接注销登记的权利。
2. 注销登记的正规流程：注销不动产登记通常需要遵循一定的法律程序和规定，一般需由权利人本人或经其合法授权的人提出注销申请，并提供相应的证明材料。利害关系人若认为登记有误或存在其他问题，应通过合法途径提出异议或申请更正，而非直接申请注销。

二. 对问题中“超过二十”的理解

• 这里的“超过二十”可能指的是不动产登记的时间超过了二十年。然而，不动产登记的时间长短并不影响其法律效力，除非存在其他法定事由（如登记错误、权利灭失等），否则不能仅凭时间长短就申请注销登记。

三. 利害关系人的正确做法

• 如果利害关系人认为不动产登记存在错误或侵犯了其合法权益，应根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条的规定，先申请更正登记或异议登记。如果权利人不同意更正，利害关系人可以申请异议登记，并在异议登记之日起十五日内提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，利害关系人不能直接申请注销权利人超过二十年的不动产登记，而应通过合法途径提出异议或申请更正。如有进一步需要，您可以继续咨询我。