非法占用农用地罪主要由公安机关管辖。具体来讲:
报案与管辖:非法占用农用地罪可以向犯罪地的公安机关报案,由犯罪地的公安机关管辖,立案侦查。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的,可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。此外,犯罪行为的实施地以及预备地、开始地、途经地、结束地等与犯罪行为有关的地点,若犯罪行为有连续、持续或者继续状态的,犯罪行为连续、持续或者继续实施的地方公安机关都可以管辖。同时,犯罪对象被侵害地、犯罪所得的实际取得地、藏匿地、转移地、使用地、销售地的公安机关也可以管辖。
行政监管与查处:在行政层面,非法占用土地(包括农用地)主要由自然资源主管部门(原国土资源部门)负责监管和查处。他们承担保护与合理利用土地资源等自然资源的职责,其内设的执法监察机构专门负责土地违法案件的立案查处工作。对于非法占用农用地的行为,自然资源主管部门可以责令退还非法占用的土地,限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施,恢复土地原状,并可以并处罚款。
综上所述,非法占用农用地罪在刑事层面由公安机关管辖,而在行政层面则由自然资源主管部门负责监管和查处。如果您或他人遭遇此类情况,建议及时向相关部门举报或报案,以维护土地资源的合理利用和法律的尊严。