签订解除劳动合同协议时，用工公司不可以代理劳动关系主体公司。下面我来详细解释一下：
在劳动关系中，每个公司都有其独立的法人地位，承担着各自的法律责任。解除劳动合同协议是劳动者与用人单位之间就解除劳动关系所达成的协议，它必须明确反映双方的真实意愿，并且由具有直接劳动关系的双方主体来签订。
法律主体独立性：用工公司和劳动关系主体公司如果不同，那么它们各自具有独立的法律主体地位。解除劳动合同协议应由与劳动者存在直接劳动关系的公司（即劳动关系主体公司）来签订，以确保协议的法律效力和双方权益的明确。
协议的有效性：如果由用工公司代理劳动关系主体公司签订解除劳动合同协议，可能会引发协议的有效性问题。因为代理关系需要明确的授权和委托，而在劳动关系中，这种代理通常是不被认可的。如果协议被认定为无效，那么双方可能会陷入更复杂的法律纠纷中。
劳动者权益保护：由劳动关系主体公司直接签订解除劳动合同协议，有助于保护劳动者的合法权益。劳动者可以更加清楚地了解协议的内容，确保自己的权益得到妥善安排。而如果由用工公司代理签订，可能会增加劳动者维权的难度和复杂性。
因此，在签订解除劳动合同协议时，应确保由与劳动者存在直接劳动关系的公司来签订，以保障协议的法律效力和双方权益的明确。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。