“小时工旷工一天扣三天工资”这种做法是不合法的。它违反了我国劳动法的相关规定，即使合同中有此类约定，也可能因违反法律强制性规定而无效。下面我将详细解释这一结论：

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位必须按时足额支付工资，无权随意扣减。对于小时工而言，其工资按实际工作小时数计算，若旷工一天，用人单位最多只能不支付该日的工资。

2. 合同约定的有效性：

   • 即使劳动合同或公司规章制度中规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，这种条款很可能因违反了《劳动合同法》中关于劳动合同无效的规定而无效。特别是如果这种条款免除了用人单位的法定责任、排除了劳动者的权利，或者违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这些条款是无效的。

3. 经济损失的赔偿：

   • 如果小时工的旷工行为确实给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求赔偿，但需提供充分证据证明损失的存在和具体金额。同时，根据相关规定，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

4. 员工权益保护：

   • 面对不合理的工资扣除，小时工有权首先与用人单位协商解决；协商不成时，可以向当地的劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，“小时工旷工一天扣三天工资”的做法不仅违反了劳动法的相关规定，也损害了劳动者的合法权益。用人单位应严格遵守法律法规，确保员工的工资权益得到保障。同时，劳动者在遇到类似情况时，也应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求帮助和解决问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。