检察院发现证据有瑕疵时，可以按照以下方式处理：

1. 申请补充侦查或自行侦查：

   • 犯罪嫌疑人及其辩护人有权申请检察院补充侦查或自行侦查，以获取更有力的证据来支持或反驳案件中的指控。
   • 如果检察院拒绝了这一申请，犯罪嫌疑人及其辩护人可以向上级检察院申诉，要求其监督下级检察院依法办事。

2. 在审判阶段提出证据问题：

   • 如果案件进入了审判阶段，被告人及其辩护人可以在法庭上指出证据的问题，要求法庭对证据进行审查。
   • 法庭如果认为证据确实存在瑕疵或问题，会要求检察院补充证据或给出合理解释。
   • 如果法庭认定证据无法认定犯罪，就应依法作出无罪判决。

3. 通过申诉等程序重新审查案件：

   • 当事人如果认为案件处理存在不当之处，还可以通过申诉等程序，要求司法机关重新审查案件，以保障自身的合法权益。

综上所述，检察院发现证据有瑕疵时，应依法进行补充侦查或自行侦查，或在审判阶段由被告人及其辩护人提出证据问题，由法庭进行审查。如果证据无法认定犯罪，法庭应依法作出无罪判决。当事人也可以通过申诉等程序来维护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。