考上军队文职后是否需要支付三方协议的违约金，需视三方协议的具体约定及法律规定来定。

一. 三方协议的具体约定

1. 协议内容决定：若三方协议中明确规定了考上军队文职等情况属于违约情形，并且约定了需要支付违约金，那么从合同约定的角度来看，您可能需要支付违约金。
2. 无相关约定：如果三方协议中并未就考上军队文职是否构成违约以及是否需要支付违约金进行明确约定，那么您可能无需支付违约金。

二. 法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，一般情况下，除非用人单位为劳动者提供了专项培训费用并约定了服务期，或者签订了竞业限制条款，否则用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，如果三方协议中的违约金约定违反了劳动合同法的这一规定，那么该约定是无效的，您无需支付违约金。

三. 处理建议

1. 查看协议：首先，建议您仔细查看三方协议的具体内容，特别是关于违约情形的约定和违约金条款。
2. 法律咨询：如果协议内容存在争议或不明确，或者您认为协议中的违约金约定可能违反了法律规定，建议您咨询专业律师进行法律咨询。
3. 协商解决：如果确实存在需要支付违约金的情况，建议您与协议方进行协商，看是否能够达成和解或减免违约金的协议。

综上所述，考上军队文职后是否需要支付三方协议的违约金，取决于三方协议的具体约定以及法律规定。如果协议中的违约金约定违反了法律规定，或者协议中并未就相关情况进行明确约定，那么您可能无需支付违约金。如有进一步需要，您可以继续咨询我。