首先，如果国企要按照合同扣除民营企业的款项，民营企业应当先明确几个关键点：合同中是否有明确的扣款条款、扣款的原因是否符合合同约定、扣款金额是否合理以及是否存在违约行为。基于这些情况，以下是我作为律师给出的具体建议：
核查合同条款：
- 仔细审查合同，确认是否存在关于扣款的明确条款，包括扣款的条件、金额、方式等。
- 如果合同中有明确的扣款条款，并且国企的扣款行为符合这些条款，那么民营企业可能需要按照合同约定接受扣款。
沟通协商：
- 如果对扣款存在疑问或不满，建议首先与国企进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。
- 尝试通过协商达成解决方案，比如调整扣款金额、延期付款或寻求其他补偿方式。
法律途径：
- 如果沟通无果，且认为国企的扣款行为缺乏合同依据或存在违约情况，民营企业可以考虑通过法律途径维护自身权益。
- 可以咨询专业律师（即我），进一步评估案件情况，并准备相应的法律文件，如律师函、诉讼状等。
- 在必要时，可以提起诉讼或申请仲裁，要求国企停止不合理的扣款行为，并赔偿因此造成的损失。
保留证据：
- 在整个过程中，民营企业应保留所有与扣款相关的证据，如合同、往来邮件、聊天记录、付款凭证等。
- 这些证据在后续的沟通、协商或法律程序中将起到关键作用。
综上所述，面对国企按合同扣款的情况，民营企业应首先核查合同条款，尝试通过沟通协商解决问题。如果无法达成共识，可以考虑通过法律途径来维护自身权益。在整个过程中，保留好相关证据是非常重要的。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。