针对您提出的“交通肇事罪肇事者在法庭上不承认交通事故认定书，法院该怎么判罚”的问题，以下是我的详细解答：

首先，明确结论：

即便肇事者在法庭上不承认交通事故认定书，法院也会根据其他证据来综合判断并作出判罚。

接下来，详细分析：

1. 交通事故认定书的作用：

   • 交通事故认定书是交警部门根据现场勘查、调查情况和相关检验、鉴定结论制作的一份法律文书，用于划分事故责任。
   • 它虽然具有重要的证明力，但并不是法院判罚的唯一依据。

2. 法院判罚的依据：

   • 法院在审理交通肇事罪案件时，会综合考虑所有证据，包括但不限于交通事故认定书、现场监控录像、目击证人证言、车辆技术鉴定报告等。
   • 如果肇事者不承认交通事故认定书，法院会特别关注其他证据是否能形成完整的证据链，以证明肇事者的行为构成交通肇事罪。

3. 不承认交通事故认定书的后果：

   • 如果肇事者不能提供有力的反证来推翻交通事故认定书，而法院根据其他证据认为肇事者确实存在交通肇事行为，那么肇事者将面临相应的法律制裁。
   • 这可能包括刑事处罚（如有期徒刑、拘役等）和民事赔偿（如向受害者或其家属支付赔偿金）。

4. 建议：

   • 对于肇事者来说，如果确实对交通事故认定书有异议，应该在法庭上积极提出自己的观点和证据，争取法院的全面审查和公正判罚。
   • 同时，也可以考虑聘请专业的律师进行辩护，以更好地维护自己的合法权益。

综上所述，即便肇事者在法庭上不承认交通事故认定书，法院也会根据其他证据来综合判断并作出判罚。因此，肇事者应该正视自己的行为后果，并积极配合法院的调查和审理工作。