员工旷工3天并不会自动离职。劳动关系的解除需要遵循法定程序，具体分析如下：

1. 单位规章制度的规定：若单位规章制度中明确规定，旷工三天属于严重违反单位规章制度，且该制度的制定程序合法（即经过民主程序制定并已向劳动者公示），那么单位有权依据此规定与旷工员工解除劳动合同。在这种情况下，虽然表面上看似是“自动离职”，但实际上单位是基于合法有效的规章制度来解除劳动关系的。

2. 法律上无“自动离职”概念：从法律层面来讲，并没有“自动离职”这一明确概念。即使员工旷工三天，单位也需要按照法定程序来解除劳动关系，比如向员工送达解除劳动合同的通知等。如果单位直接认定旷工三天为自动离职，而未履行法定程序，那么员工有权申请劳动仲裁来维护自身权益。

3. 无相关规定时的处理：如果单位规章制度或劳动合同中并未明确规定旷工三天属于自动离职，那么旷工三天并不能直接算作离职。但员工旷工确实属于严重违纪行为，单位有权依法依规进行处理，包括但不限于解除劳动合同。不过，在解除劳动合同时，单位仍然需要遵循法定程序。

综上所述，员工旷工3天并不会自动离职。劳动关系的解除需要基于合法有效的规章制度或法律规定，并遵循法定程序进行。如果员工对单位的解除行为有异议，可以通过劳动仲裁等合法途径来维护自身权益。