对于造假工厂员工的处理方式，这主要取决于员工在造假行为中的角色、知情程度以及具体法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、员工在造假行为中的角色与知情程度
不知情员工：
- 如果员工对工厂的造假行为完全不知情，或者只是从事了常规的、不涉及造假环节的工作，那么他们通常不会被追究刑事责任。
- 在这种情况下，员工可能只是被要求配合调查，提供相关信息，但不需要承担法律责任。
知情并参与的员工：
- 如果员工明知工厂在造假，并且积极参与了造假行为（如参与生产、销售、隐瞒等），那么他们可能会面临法律责任。
- 根据相关法律法规，这类员工可能会被追究刑事责任，具体处罚根据造假行为的严重程度和造成的后果而定。
直接责任人与管理人员：
- 对于直接负责造假行为的管理人员或关键员工，他们通常会面临更严重的法律责任。
- 这类人员可能会被判处较长的有期徒刑，并处罚金，甚至可能面临更严厉的刑罚。
二、法律法规的规定
《中华人民共和国刑法》：
- 根据该法规定，单位涉嫌生产、销售假药等造假行为的，会对单位判处罚金，并对单位的主管人员和其他直接责任人判处相应的有期徒刑。
- 对于个人参与造假行为的，也会根据情节的严重程度判处相应的刑罚。
《中华人民共和国刑事诉讼法》：
- 该法规定了对于犯罪嫌疑人的拘留、讯问等程序。
- 如果员工被刑事拘留，公安机关需要在规定的时间内进行讯问，并根据情况决定是否释放或继续羁押。
三、实际处理方式
调查与取证：
- 当发现造假工厂时，相关部门会立即展开调查，收集证据，以确定员工的知情程度和参与程度。
法律程序：
- 对于涉嫌犯罪的员工，会按照法律程序进行拘留、讯问、起诉等步骤。
- 如果员工被判定有罪，将根据其犯罪情节和法律规定进行处罚。
员工权益保障：
- 在整个处理过程中，员工的合法权益应得到保障。
- 如果员工认为自己的权益受到侵犯，可以通过法律途径进行申诉。
综上所述，对于造假工厂员工的处理方式需要根据员工的知情程度、参与程度以及相关法律法规的规定来确定。不知情员工通常不会承担法律责任，而知情并参与的员工以及直接责任人与管理人员则可能会面临严重的法律后果。在整个处理过程中，应确保员工的合法权益得到保障。