在刑事案件中，犯罪事实不清楚导致案件被撤销的情况，通常涉及证据的不足或无法查证属实，以至于无法形成完整的证明体系来确认被告人的罪行。这类情况在司法实践中并不罕见，以下是一些典型的例子和相关的法律解释：
证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院在审查起诉阶段，若发现案件证据不足，不能证明被告人有罪的，应当作出不起诉决定，即撤销案件。同样，在审判阶段，若法院认为证据不足，不能认定被告人有罪，也会作出无罪判决。
案件事实不清、证据不足的案件，应当撤销案件或不起诉：
- 在侦查阶段，若公安机关经过侦查后认为案件事实不清、证据不足，无法继续追诉的，应当撤销案件。在审查起诉阶段，检察机关也会基于同样的理由作出不起诉决定。
存疑不起诉：
- 这是一种特殊的不起诉情形，指检察机关在审查起诉过程中，对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。这种不起诉决定体现了“疑罪从无”的刑事司法原则。
无法查清犯罪事实的案件：
- 在某些情况下，尽管进行了大量的调查取证工作，但仍然无法查清案件的全部事实或关键事实。这时，若继续追诉可能会侵犯被告人的合法权益，因此应当撤销案件或不起诉。
综上所述，犯罪事实不清楚导致案件被撤销的情况主要包括证据不足、案件事实不清以及无法查清犯罪事实等。在这些情况下，司法机关会依法作出撤销案件、不起诉或无罪判决等决定，以保障被告人的合法权益和刑事司法的公正性。如果你或你身边的人遇到了类似的情况，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。