违停三分钟内被抓拍，车主是有权进行申诉的。以下是对此问题的详细分析：

申诉的法律依据

1. 行政复议权利：根据相关法律法规，如《行政复议法》及《机动车驾驶证申领和使用规定》，公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯了其合法权益，有权向行政机关提出行政复议申请。这意味着，如果车主认为违停三分钟的抓拍行为不当，可以依法向相关部门提出申诉。

2. 地方规定差异：需要注意的是，不同地区对于违法停车的具体认定和处罚标准可能存在差异。部分区域可能设有停车缓冲时间（如5分钟内不处罚），若当地有此类规定且实际停车时间未达缓冲时限，车主的申诉将更有依据。

申诉的流程和注意事项

1. 准备必要材料：

   • 车辆行驶证、驾驶证；
   • 停车情况的证据，如行车记录仪视频、现场照片等，需清晰显示停车时间、地点、车辆状态及周边交通状况。

2. 选择申诉方式：

   • 线下：前往当地交警大队办公地点，以书面形式提交申诉材料并说明理由；
   • 线上：通过交警部门的官方网站、手机APP等渠道进行申诉，按照提示上传相关材料和填写内容。

3. 注意申诉期限：通常是在接到违停处罚通知后的一定期限内提出申诉，多数地区规定为3个工作日到15个工作日不等。车主应密切关注处罚通知，并在规定时间内按要求进行申诉。

4. 保持沟通顺畅：在申诉过程中，车主应保持与复议机关或法院的沟通顺畅，积极配合调查工作，并密切关注申诉进展。

申诉的可能结果

• 如果车主提供的证据充分且合理，能够证明违停行为的合理性或抓拍行为的不当性，交管部门可能会撤销处罚。
• 但如果违停事实清楚，证据确凿，申诉可能难以成功。此时，车主应接受处罚并引以为戒，遵守交通规则。

综上所述，面对违停三分钟内被抓拍的情况，车主有权进行申诉，并应依法行使自己的申诉权利。在申诉过程中，车主应准备充分、选择正确的申诉方式、注意申诉期限，并积极配合调查工作。