当公司财产被侵占时，为有效维护公司的合法权益，应采取一系列全面且有序的措施。以下是对此问题的详细解答和建议：
一、明确被侵占财产的具体情况
首先，公司需要清晰知晓被侵占财产的具体范畴、价值以及涉及的业务环节。这包括明确财产损失的金额、被侵占的方式（如盗窃、诈骗、职务侵占等）以及涉及的人员等信息。这一步骤对于后续的法律行动至关重要。
二、内部调查与证据收集
启动紧急调查：
- 组织财务、审计等部门迅速开展内部调查，查明财产损失的具体细节。
- 分析财务报表、交易记录、合同、发票等，追踪资金流向。
全面收集证据：
- 收集所有与侵占行为相关的证据，包括电子邮件、聊天记录、监控录像、证人证言等。
- 确保证据的真实性和完整性，特别是电子数据证据，应及时备份并进行公证。
三、确定侵占主体
根据内部调查的结果，准确识别实施侵占行为的主体。无论是公司内部员工还是外部合作伙伴，都应明确其身份，为后续的法律行动奠定基础。
四、采取法律措施
尝试协商解决：
- 在证据确凿的基础上，首先尝试与侵占方进行沟通协商，要求其返还财产并承担赔偿责任。
- 协商过程中应保留完整记录，以备后续使用。
向公安机关报案：
- 若协商无果，且侵占行为涉嫌犯罪（如职务侵占罪、盗窃罪等），应立即向有管辖权的公安机关报案。
- 提交详细的报案材料，包括证据清单、报案陈述等，并配合公安机关的调查工作。
提起民事诉讼：
- 对于不构成犯罪但造成经济损失的侵占行为，公司可通过民事诉讼途径要求侵占方赔偿损失。
- 准备充分的证据材料，并按照法院的要求提交起诉状及相关文件。
- 积极参与诉讼过程，争取有利判决。
五、加强内部管理
完善制度：
- 修订和完善财务制度、内部控制制度等，确保管理漏洞得到及时堵塞。
- 建立严格的财产管理制度，明确财产的保管、使用、处置等流程。
提高法律意识：
- 定期开展法律培训，增强员工的法制观念和风险防范意识。
- 鼓励员工积极举报侵占行为，建立有效的举报机制。
建立审计机制：
- 建立健全的内部审计机制，定期对公司财务状况进行审计。
- 及时发现并纠正问题，确保公司资产安全。
六、寻求专业法律支持
在整个处理过程中，建议公司寻求专业律师的法律支持。律师可以提供专业的法律意见和指导，确保公司的行动合法有效，最大限度地维护公司的合法权益。
综上所述，面对公司财产被侵占的情况，公司应迅速响应并采取综合措施保护自身权益。通过内部调查与证据收集、确定侵占主体、采取法律措施以及加强内部管理等步骤，可以有效应对侵占行为并维护公司的合法权益。