邻居长期违法占据公共胡同的行为，提起民事诉讼确实可能受到诉讼时效的限制。下面我将详细解释这一结论，并提供相关的法律建议。
法律解释
诉讼时效的概念：
- 诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。也就是说，如果权利人在法律规定的期限内没有行使权利，那么其起诉权可能会受到限制。
公共胡同的产权归属：
- 公共胡同通常属于公共空间，不属于任何个人所有。因此，邻居长期违法占据公共胡同，实际上是对公共空间的不当使用或侵占。
诉讼时效的适用：
- 在我国，民事诉讼时效一般为三年（根据《民法典》第一百八十八条的规定）。如果权利人在这三年内没有向法院提起诉讼，那么其起诉权可能会因为超过诉讼时效而受到限制。
- 当然，也存在一些特殊情况，如权利人因不可抗力或其他正当理由无法行使权利，此时诉讼时效可能会中止或中断。
法律建议
及时行使权利：
- 如果你发现邻居长期违法占据公共胡同，建议及时与邻居沟通，要求其停止侵占行为。如果沟通无果，可以考虑向法院提起诉讼，以保护自己的合法权益。
收集证据：
- 在提起诉讼之前，务必收集好相关证据，如照片、视频、证人证言等，以证明邻居的侵占行为以及你因此受到的影响。
咨询专业律师：
- 如果你对法律程序不熟悉，或者需要更具体的法律建议，可以咨询专业律师（比如我）。我可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律分析和建议。
考虑诉讼时效：
- 在提起诉讼之前，务必考虑诉讼时效的问题。如果已经超过诉讼时效，那么你的起诉权可能会受到限制。此时，你可以考虑通过其他途径来维护自己的权益，如与邻居协商、向相关部门投诉等。
综上所述，邻居长期违法占据公共胡同的行为，提起民事诉讼确实可能受到诉讼时效的限制。因此，建议你及时行使权利、收集证据，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。