结论：邻居侵占胡同5年，您仍然有权起诉，但需注意诉讼时效及证据收集等问题。以下从多个角度为您详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。然而，这并不意味着超过三年就无法起诉，而是指在超过三年后，如果对方提出诉讼时效抗辩，您可能会丧失胜诉权。但在此案例中，由于邻居的侵占行为是持续性的，诉讼时效可能从侵占行为终止之日起计算，或者根据具体情况适用其他诉讼时效规定。
最长诉讼时效：民法典还规定了最长诉讼时效，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。在您的情况下，侵占行为持续了5年，远未达到最长诉讼时效，因此您仍然有权起诉。
二、证据收集问题
证明侵占事实：您需要收集证据证明邻居确实侵占了胡同，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于证明邻居的侵占行为以及侵占的持续时间。
证明权利归属：您还需要证明您对胡同拥有合法的使用权或所有权。这可以通过房产证、土地证、规划图等文件来证明。
三、法律后果与救济措施
停止侵害：如果法院认定邻居确实侵占了胡同，您可以要求邻居停止侵害，即停止继续侵占胡同的行为。
排除妨碍：如果邻居的侵占行为已经对您的正常使用胡同造成了妨碍，您可以要求邻居排除妨碍，如拆除障碍物、恢复原状等。
赔偿损失：如果邻居的侵占行为给您造成了经济损失，如因无法通行而产生的额外费用等，您可以要求邻居赔偿损失。
四、实际操作建议
协商调解：在起诉之前，您可以尝试与邻居进行协商调解，看是否能够达成和解协议，解决纠纷。这不仅可以节省时间和精力，还可以维护邻里关系。
寻求法律援助：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），以获取更具体的法律建议和指导。
及时起诉：如果您决定起诉，请务必在诉讼时效期间内提起诉讼，并准备好充分的证据来支持您的主张。
总结与建议：邻居侵占胡同5年，您仍然有权起诉。在起诉前，请务必收集好相关证据，并考虑协商调解的可能性。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我将竭诚为您提供专业的法律服务。