总公司中标分公司结算不符合《招标投标法》的相关规定。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 招标投标的主体资格
- 总公司与分公司的关系：根据《公司法》的相关规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。但在招标投标活动中，通常要求投标人具有独立承担民事责任的能力。
- 投标主体的合法性：在招标投标过程中，总公司作为独立的法人实体参与投标并中标，是合法的投标主体。然而，分公司并不具备独立的投标资格，因此不能作为中标后的合同结算主体。
二. 招标投标的法律规定
- 《招标投标法》的相关规定：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。这里明确规定了中标人应与招标人签订合同的义务。
- 合同主体的一致性：中标通知书发出的对象是总公司，因此，签订合同的主体也应当是总公司，而不是分公司。如果由分公司进行结算，将违反合同主体一致性的原则。
三. 实际操作中的风险
- 如果总公司中标后由分公司进行结算，可能会引发一系列的法律纠纷和财务风险。例如，招标人可能会以合同主体不符为由拒绝履行合同义务，或者要求总公司承担因分公司行为导致的法律责任。
综上所述，总公司中标后由分公司进行结算是不符合《招标投标法》及相关法律规定的。我的建议是，总公司中标后应严格按照招标文件的要求与招标人签订合同，并确保合同主体的一致性，以避免潜在的法律风险和纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。