用人单位收取员工入职保证金是不合法的。
详细分析如下：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定，用人单位招用劳动者时，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物，如押金、保证金、抵押金等。这一规定是为了保护劳动者的财产权和其他合法权益不受侵犯。
若用人单位违反此规定，擅自收取员工入职保证金，将面临以下法律后果：
劳动者有权要求返还：员工可与用人单位协商，要求其立即退还所收取的保证金。若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，以维护自身的合法权益。
劳动行政部门的处罚：劳动行政部门接到投诉后，会依法进行调查。一旦确认用人单位存在违规行为，将责令其限期退还所收款项给劳动者本人，并对用人单位处以每人五百元以上二千元以下的罚款，以示惩戒。
赔偿责任：如果因用人单位的违规行为给劳动者造成了实质性损失，如经济损失、精神损害等，用人单位还需承担相应的赔偿责任，以弥补劳动者的损失。
因此，对于劳动者而言，在求职过程中应提高警惕，如遇用人单位要求收取入职保证金的情况，应坚决拒绝，并及时向当地劳动监察部门或相关部门进行举报投诉。同时，也建议劳动者在签订劳动合同前仔细阅读合同条款，确保自身权益得到充分保障。
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