招标主体变更后，保证金应由原招标主体或新招标主体根据具体情况退还。

首先，我们要明确的是，保证金是投标人在提交投标文件时按照招标文件的要求交纳的，用于保证其投标行为真实、合法、有效，并承诺在中标后按照招标文件的要求与招标人签订合同的一种担保方式。当招标主体发生变更时，保证金的退还问题就需要根据具体情况来分析了。

1. 如果招标文件或合同中明确规定了保证金退还的主体：

   • 那么，无论是原招标主体还是新招标主体，都应当按照招标文件或合同的规定来履行退还保证金的义务。
   • 如果规定由原招标主体退还，那么原招标主体就应当在招标主体变更后，及时将保证金退还给投标人。
   • 如果规定由新招标主体退还，那么新招标主体在接管招标项目后，也应当承担起退还保证金的责任。

2. 如果招标文件或合同中没有明确规定保证金退还的主体：

   • 在这种情况下，就需要根据招标主体变更的具体原因和情况来分析了。
   • 如果招标主体的变更是由于原招标主体无法继续履行招标义务或存在其他违约行为导致的，那么原招标主体应当承担退还保证金的责任。
   • 如果招标主体的变更是由于其他原因（如政策调整、公司重组等）导致的，并且新招标主体愿意承接原招标主体的权利和义务，那么新招标主体可以承担退还保证金的责任。

无论哪种情况，招标主体在变更后都应当及时与投标人沟通，明确保证金的退还方式和时间，确保投标人的合法权益得到保障。如果投标人在退还保证金方面遇到问题，可以向相关监管部门投诉或寻求法律援助。同时，也建议投标人在参与招标活动时，仔细阅读招标文件，了解保证金的相关规定和要求，以避免不必要的纠纷和风险。