债务加入协议与借款合同约定的管辖法院冲突时，一般应以债务加入协议中约定的管辖法院为准。以下是详细分析：

核心前提

• 存在一个债务加入协议和一个借款合同。
• 这两个协议中约定的管辖法院不一致。

法律分析

1. 债务加入协议的性质：

   • 债务加入协议是指第三人与债权人、债务人达成三方协议或第三人与债务人达成双方协议或第三人向债权人单方承诺由第三人履行债务人的债务，但同时不免除债务人履行义务的债务承担方式。
   • 在债务加入协议中，通常会明确约定管辖法院，以解决未来可能发生的争议。

2. 借款合同的性质：

   • 借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
   • 借款合同中也会约定管辖法院，但这一约定在债务加入协议签订后可能被后者所变更。

3. 管辖法院冲突的解决：

   • 当债务加入协议与借款合同约定的管辖法院冲突时，应优先适用债务加入协议中的约定。因为债务加入协议是在借款合同之后签订的，可以视为对借款合同中管辖法院约定的变更。
   • 此外，根据《民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。因此，债务加入协议中的管辖法院约定只要符合法律规定，就应得到尊重。

举例说明

假设甲与乙签订了一份借款合同，约定由甲向乙借款100万元，并约定如发生争议由A法院管辖。后来，丙作为第三人加入该债务，与甲、乙共同签订了一份债务加入协议，并约定如发生争议由B法院管辖。那么，在后续如果因该债务发生争议，就应以债务加入协议中约定的B法院为管辖法院。

综上所述，债务加入协议与借款合同约定的管辖法院冲突时，应以债务加入协议中约定的管辖法院为准。这是因为债务加入协议是在借款合同之后签订的，且通常会对借款合同中的相关条款进行变更或补充。如果仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。