乱占耕地问题中，各级部门的责任主要由《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规进行明确。以下是对各级部门责任的具体分析：

一. 自然资源部门（土地行政主管部门）的责任

1. 核心监管职责：自然资源部门是查处乱占耕地行为的主导部门，负责监管土地使用的合法性，并认定建筑是否属于乱占耕地建设。
2. 具体执法行动：通过土地卫片执法检查等手段发现违法占地行为，依法下达责令停止违法行为通知书、责令限期拆除决定书等法律文书，要求违建者自行拆除。若违建者不配合，可依法申请法院强制执行。
3. 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源部门有权对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并采取相应的行政处罚措施，包括责令停止施工、自行拆除及罚款等。

二. 农业农村部门的责任

1. 特定查处职责：农业农村部门主要负责农村宅基地方面违法建设行为的查处，特别是针对村民未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅的情况。
2. 处理措施：责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

三. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）的责任

1. 参与查处和拆除工作：在城市规划区范围内，特别是城乡结合部地区，城管部门参与乱占耕地违建的查处和拆除工作。
2. 执法依据：依据相关城市管理法规和执法权限，实施具体的执法行动。

四. 乡镇人民政府（街道办事处）的责任

1. 辅助与配合职责：乡镇人民政府（街道办事处）对本辖区内乱占耕地违建情况较为了解，负责配合相关部门开展工作。
2. 具体任务：包括现场核实情况、沟通协调、维护现场秩序等，以推动拆除工作的顺利进行。

我建议，在面对乱占耕地问题时，应首先向当地的自然资源主管部门或综合行政执法部门进行咨询，了解具体的政策和程序。同时，各部门之间也应加强协同合作，形成合力，确保违法建筑得到及时、有效的处理。对于公众而言，更应增强法律意识，自觉遵守土地管理法律法规，共同维护土地资源的合法使用。