航空公司退票扣除90%票价，是否合法需根据具体情况判断。

一. 航空公司退票费用规定

1. 航空公司的退票费用并非固定，而是根据舱位等级、机票种类及折扣率等因素来确定。不同舱位、不同折扣率的机票，其退改签费用也会有所不同。例如，折扣幅度越大的机票，退改签限制通常越严格，退改费用也越高。
2. 航空公司在销售机票时，会明确告知旅客机票的使用规则及限制条件，包括退票费用等。旅客在购买机票时，应当仔细查阅并了解这些规定。

二. 合法性分析

1. 如果航空公司在售票时已经明确告知了退票费用，并且该费用符合航空公司的退票规定，那么退票扣除90%票价就是合法的。因为旅客在购买机票时，已经接受了这些规定，并形成了合同关系。
2. 如果航空公司未提前告知或退票费用超出合理范围，那么退票扣除90%票价可能涉嫌违法。此时，旅客可以依据相关法律法规，如《消费者权益保护法》等，维护自己的合法权益。

三. 建议

1. 旅客在购买机票时，应当仔细查阅机票的使用规则及限制条件，特别是退票费用方面的规定。
2. 如果对退票费用有疑问或不满，可以先与航空公司进行沟通协商，寻求解决方案。
3. 如果沟通无果，旅客可以考虑向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，航空公司退票扣除90%票价是否合法，需根据具体情况判断。如果符合航空公司的退票规定且已提前告知旅客，那么就是合法的；否则，可能涉嫌违法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。