退款协议盖合同专用章通常是有效的。但具体效力还需结合实际情况来判断，以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况：在合同签订和履行过程中，合同专用章是法人用于签订合同的正式印章，具有法律效力。因此，如果退款协议上加盖的是合同专用章，且该章真实有效，没有伪造或变造的情况，那么该退款协议通常是具有法律效力的。

2. 特殊情况：

   • 假章或萝卜章：如果退款协议上加盖的合同专用章是假章或“萝卜章”（即与法人实际使用的印章不符），那么该退款协议的效力可能会受到质疑。但此时并非绝对无效，还需结合其他因素综合判断，如合同签订时法人的代表或代理人在场、合同相对人是否尽到基本审查义务等。
   • 代表权或代理权问题：如果盖章的人没有代表权或代理权，或者超越了其代表或代理的权限，那么该退款协议的效力也可能会受到影响。但同样，这也需要结合具体情况来判断，如法人是否对盖章人的行为进行了追认等。

3. 法律建议：

   • 在签订退款协议时，务必确认对方加盖的是真实有效的合同专用章，并尽可能要求对方提供法人授权委托书或相关证明文件。
   • 如果对退款协议的效力存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便获得更准确的法律意见和解决方案。

综上所述，退款协议盖合同专用章在一般情况下是有效的，但具体效力还需结合实际情况来判断。如果您在签订或履行退款协议过程中遇到任何问题，欢迎随时向我咨询。