在招标代理合同中约定由招标代理负责投标人投诉解释，可以遵循以下步骤来明确相关条款：

1. 明确责任主体： 在合同中应明确招标代理机构作为处理投标人投诉的第一责任人。例如，可以表述为：“招标代理机构负责处理与招标过程相关的所有投标人投诉，并承担解释和答复的责任。”

2. 详细规定处理流程：

   • 接收投诉：明确招标代理机构接收投标人投诉的方式、时间、地点等具体要求。
   • 调查核实：规定招标代理机构在收到投诉后，应进行详细的调查核实，包括查阅招标文件、询问相关人员等，以确保了解投诉的实际情况。
   • 解释答复：要求招标代理机构在调查核实后，及时向投标人提供书面或口头的解释答复，明确说明处理结果及理由。

3. 设定处理时限： 为确保投诉处理的及时性，合同中应明确招标代理机构处理投标人投诉的具体时限。例如，可以规定：“招标代理机构应在收到投诉后的X个工作日内完成调查核实，并给出解释答复。”

4. 规定违约责任： 为确保招标代理机构认真履行投诉处理职责，合同中应明确其违约责任。例如，可以约定：“如招标代理机构未能在规定时限内处理投诉或解释答复不满意的，应承担相应的违约责任，包括但不限于赔偿投标人因此遭受的损失。”

5. 争议解决机制： 在合同中还可以约定争议解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式，以解决因投诉处理而产生的争议。

综上所述，通过在招标代理合同中明确责任主体、详细规定处理流程、设定处理时限、规定违约责任以及争议解决机制，可以有效地约定由招标代理负责投标人投诉解释的相关条款。如有任何具体条款的制定或合同审核需求，你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律支持。