招标文件合同条款如与法律法规不符，合同签订时一般不可以修改实质性内容。具体分析如下：

1. 法律法规规定：

   • 根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

2. 实质性条款与非实质性条款：

   • 实质性条款通常指的是那些对合同双方权利义务产生重大影响、决定合同性质、内容或效果的条款，如采购标的、数量、质量、价款或报酬、付款方式、履约期限、违约责任等。这些条款在合同签订后是不允许修改的。
   • 非实质性条款，即那些不影响合同基本权利和义务的条款，理论上在双方协商一致的情况下是可以调整的。但需注意，这种调整也必须符合法律法规的规定。

3. 合同条款与法律法规不符的处理：

   • 如果招标文件中的合同条款本身与法律法规不符，那么在中标后签订合同时，这些不符合法律法规的条款应当被修正或剔除，以确保合同的合法性和有效性。
   • 如果在合同签订后发现合同条款与法律法规不符，双方应当尽快协商并修改合同条款，以符合法律法规的要求。如果无法协商一致，可能会引发法律纠纷，此时应当寻求法律途径解决。

综上所述，招标文件中的合同条款在合同签订时一般不可以修改实质性内容，特别是当这些条款与法律法规不符时。如果确实需要修改，应当在双方协商一致并符合法律法规的前提下进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。