当代理机构注销时，其代理的案件处理方式主要依据代理的业务类型和相关法律法规进行。以下是针对专利代理和商标代理两种业务类型的详细解答：

专利代理机构注销代理案件的处理

1. 妥善处理未办结业务：

   • 专利代理机构在解散或不再办理专利代理业务前，应首先妥善处理各种尚未办结的专利代理业务。
   • 这包括与委托人沟通，确保所有在办案件得到妥善安排或转移。

2. 通知委托人并解除委托合同：

   • 代理机构应在营业执照注销三十日前，或接到撤销、吊销通知书之日起三十日内，通知所有委托人解除委托合同。
   • 同时，应确保委托人了解并同意案件的处理方式。

3. 办理注销手续：

   • 在妥善处理完所有业务后，代理机构需向国家知识产权局办理注销专利代理机构执业许可证的手续。
   • 若未妥善处理全部专利代理业务，代理机构的合伙人、股东不得办理专利代理师执业备案变更。

商标代理机构注销代理案件的处理

1. 签订终止或转委托协议：

   • 商标代理机构在注销其营业登记前，应与委托人就未完成的商标代理事宜签订终止协议。
   • 或者，经委托人同意，与他人签订转委托协议，将案件转移给其他商标代理机构继续处理。

2. 办理变更代理人手续：

   • 若涉及《商标法》第十八条规定的外国人或外国企业，必须依法办理变更代理人手续。

3. 商标书件的送达：

   • 签订终止协议的，商标局将有关商标书件直接邮寄给委托人（申请人）。
   • 签订转委托协议并依法办理变更代理人手续的，商标局将有关商标书件送达给变更后的商标代理机构。
   • 若代理机构符合条件办理企业名义变更并变更相应备案信息，商标局将有关商标书件送达给变更名义后的商标代理机构。

综上所述，代理机构在注销时，应严格按照相关法律法规和规定处理其代理的案件，确保委托人的权益得到妥善保障。同时，代理机构也应积极与委托人沟通，确保案件处理的透明度和合法性。