针对您提出的“代理机构注销后案子怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律程序和责任归属的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，代理机构注销后，其作为法律主体的资格已经灭失，但这并不意味着所有与其相关的案件都会因此终止。案件的处理方式主要取决于代理机构注销的时间节点以及案件的具体情况。
一、注销时间节点的影响
在立案调查前或采取行政强制措施前注销：
- 如果代理机构在相关部门立案调查前或采取行政强制措施前就已经注销，且没有其他市场主体承受其权利义务（如被兼并或重组后注销，但新主体未承受原代理机构的权利义务），那么案件调查可能会因行政相对人主体灭失而进入终止程序。
在立案调查后或采取行政强制措施后、尚未作出行政处罚决定前注销：
- 如果代理机构在相关部门立案调查后或采取行政强制措施后、尚未作出行政处罚决定前注销，且存在恶意注销以逃避法律责任的情况（如提供虚假材料、作出虚假承诺等），那么相关部门不能以行政相对人主体已灭失为由而终止案件调查。
- 此时，相关部门可以依据相关法律法规，发函市场主体登记机关申请撤销注销登记，并建议对恶意注销的行为人依法予以行政处罚。在市场主体登记机关作出有关撤销注销登记决定前，相关部门可对案件予以中止调查，待处理决定作出后再恢复进一步调查处理。
二、案件具体情况的考量
个体工商户类代理机构：
- 如果代理机构是个体工商户，根据《中华人民共和国民法典》的有关规定，其本质属于自然人范畴。因此，即使其注销，也可由经营者依法承担责任，不影响案件的后续调查处理。
法人或其他组织类代理机构：
- 对于法人或其他组织类代理机构，如果其注销后存在其他市场主体承受其权利义务（如被兼并或重组后注销，新主体承受了原代理机构的权利义务），那么案件调查仍可继续进行，由新的市场主体作为行政相对人接受调查和处理。
- 如果不存在其他市场主体承受其权利义务，且存在恶意注销逃避法律责任的情况，则按照上述第二种情况处理。
三、建议与措施
- 及时掌握代理机构主体资格存续状态：相关部门在调查环节应密切关注代理机构的主体资格存续状态，一旦发现其注销，应立即分析是否适用调查终止程序。
- 加强预防与打击恶意注销行为：通过调查询问通知书、调查询问笔录或责令改正决定书等文书，告知代理机构本案已处于立案调查状态，以预防其恶意注销后辩称不知晓立案调查情况。
- 依法处理恶意注销行为：对于恶意注销逃避法律责任的行为，相关部门应依法予以打击，维护执法权威和公平正义。
综上所述，代理机构注销后案子的处理方式取决于注销时间节点和案件具体情况。相关部门应依法依规进行处理，确保案件的公正、公平和有效处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。