针对您提出的“农用地征收时，第三人和承租人签订的是合作协议该怎么办”的问题，以下是我的分析：

首先，我们需要明确一点：在农用地征收的过程中，如果第三人和承租人之间签订的是合作协议，那么该协议的性质、内容以及双方的权利义务关系将直接影响到征收补偿的分配和处理。

1. 分析合作协议的性质和内容：

   • 合作协议是否明确规定了双方对农用地的使用权、收益权以及征收时的补偿分配方式？
   • 合作协议中是否存在关于征收时如何解除或终止协议的条款？
   • 合作协议是否经过合法登记或备案，是否具有法律效力？

2. 根据合作协议的性质和内容，确定双方的权利义务：

   • 如果合作协议明确规定了征收时的补偿分配方式，那么双方应按照协议执行。
   • 如果合作协议未明确规定征收时的补偿分配方式，那么双方应协商确定，协商不成的，可以诉诸法律途径解决。
   • 如果合作协议因违反法律法规而无效，那么双方应根据实际情况，重新确定各自的权利义务，并协商补偿分配方式。

3. 考虑征收法律关系的介入：

   • 征收行为是政府行为，具有强制性。因此，当农用地被征收时，合作协议双方都应服从征收决定。
   • 征收补偿的分配应遵循公平、合理的原则，同时考虑合作协议双方的实际情况和贡献。

4. 建议处理方式：

   • 双方应首先查阅合作协议，明确各自的权利义务和征收时的补偿分配方式。
   • 如果合作协议不明确或存在争议，双方应友好协商，寻求共识。
   • 如果协商不成，可以寻求法律援助或诉诸法律途径解决争议。

综上所述，处理农用地征收时第三人和承租人签订的合作协议问题，需要综合考虑合作协议的性质、内容以及征收法律关系的介入。双方应本着公平、合理的原则，协商确定补偿分配方式，并寻求法律援助或诉诸法律途径解决争议。如果您有进一步的问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。