农产品收购发票违法行为主要适用《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定。具体分析如下：

一. 违法行为认定

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条第二款第一项，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。在农产品收购过程中，如果企业虚构收购业务，为自己开具与实际经营业务情况不符的农产品收购发票，或者让他人为自己开具此类发票，即构成虚开发票的行为。

二. 法律责任

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，违反本办法的规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此，对于农产品收购发票的违法行为，税务机关将依据虚开金额的大小，对违法单位或个人进行相应的罚款处罚，甚至追究刑事责任。

综上所述，农产品收购发票违法行为主要适用《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对于虚开发票的行为，税务机关将依法进行处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。