在政府采购工程项目中，如果设计单位是分公司，总公司并不一定需要回避，但具体需根据相关法律法规及招标文件的规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律法规层面

1. 《中华人民共和国政府采购法》：该法并未明确规定在政府采购工程项目中，设计单位是分公司时总公司必须回避。政府采购主要关注的是公平竞争和采购效率，而非特定公司之间的关联关系。
2. 《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例：这些法规主要规范了招标投标活动，对于设计单位是分公司的情况，也并未直接规定总公司需要回避。重要的是确保招标投标的公正、公平和透明。

二. 招标文件规定

• 在具体的政府采购工程项目中，招标文件可能会对投标人的资格、条件及回避情形进行明确规定。如果招标文件中明确规定了设计单位是分公司时总公司需要回避，那么总公司就必须遵守这一规定。

三. 实际情况分析

1. 如果总公司与分公司之间存在直接的控股或管理关系，且这种关系可能影响到招标投标的公正性，那么根据公平竞争的原则，总公司可能需要回避。但这需要具体分析招标文件的规定以及实际的项目情况。
2. 如果总公司与分公司之间只是品牌或技术上的关联，并没有直接的控股或管理关系，且这种关联不会影响到招标投标的公正性，那么总公司通常不需要回避。

我的观点：在政府采购工程项目中，设计单位是分公司时，总公司是否需要回避应根据具体的法律法规、招标文件规定以及实际的项目情况来判断。如果招标文件或相关法律法规没有明确规定总公司需要回避，且总公司与分公司之间的关系不会影响到招标投标的公正性，那么总公司通常不需要回避。如有进一步需要，您可以继续咨询我。