在耕地上建房同时违反了《土地管理法》和《城乡规划法》的相关规定，但具体按哪条处理，需根据实际情况和法律法规的具体规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 依据《土地管理法》的处理：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十七条的规定，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。因此，在耕地上建房明确违反了《土地管理法》关于耕地保护的规定。
   • 对于这种违法行为，县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等有权按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

2. 依据《城乡规划法》的处理：

   • 《城乡规划法》规定了城乡规划的制定、实施和修改等程序，以及违反城乡规划的法律责任。如果在耕地上建房未经城乡规划主管部门批准，或者违反了城乡规划的具体要求，那么也将受到《城乡规划法》的制裁。
   • 具体的处理方式可能包括责令停止建设、限期拆除违法建筑、罚款等。如果构成犯罪，同样将依法追究刑事责任。

3. 综合处理：

   • 在实际操作中，对于在耕地上建房的违法行为，可能会同时受到《土地管理法》和《城乡规划法》的制裁。因为这一行为既违反了耕地保护的规定，又可能违反了城乡规划的要求。
   • 具体按哪条处理，或者是否同时按两条处理，取决于违法行为的具体情况、严重程度以及当地执法部门的判断。

综上所述，耕地上建房同时违反了《土地管理法》和《城乡规划法》的规定。在处理时，应根据实际情况和法律法规的具体规定来判断，可能同时受到两部法律的制裁。如果你面临这样的情况，建议尽快咨询当地执法部门或专业律师，以便了解具体的法律后果和处理方式。