民法典并未直接规定国有空闲土地长期没有使用被村民耕种作物的具体处理方式。但我们可以从相关法律规定出发，结合实际情况进行分析。

一. 土地所有权与使用权

1. 国有土地所有权：根据《民法典》第二百四十七条，矿藏、水流、海域属于国家所有，即全民所有。同理，未明确归属的国有空闲土地也属于国家所有。
2. 土地使用权：村民未经允许耕种国有空闲土地，并不自动获得该土地的使用权。土地使用权的取得需依法进行，如通过出让、划拨等方式。

二. 村民耕种行为的性质

1. 无权占有与使用：村民未经国家（或相关土地管理部门）允许，擅自耕种国有空闲土地，构成无权占有与使用。
2. 可能产生的法律后果：根据《民法典》的相关规定，无权占有不动产或动产的，权利人可以请求返还原物。因此，国家（或相关土地管理部门）有权要求村民停止耕种并返还土地。

三. 处理建议

1. 协商处理：首先，建议相关土地管理部门与村民进行协商，了解村民耕种的原因和实际情况，看是否能通过协商达成和解，如给予村民一定的补偿或引导其到其他合适的地方耕种。
2. 依法处理：若协商无果，或村民的行为构成严重侵权，相关土地管理部门应依法采取措施，要求村民停止耕种并返还土地。必要时，可诉诸法律程序，维护国家的土地所有权。

综上所述，对于国有空闲土地被村民耕种的情况，应首先明确土地的所有权和使用权归属，再根据实际情况进行协商或依法处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。