超期竣工违约金的计算方式主要依据合同中的具体约定以及相关法律法规。以下是对此问题的详细解答：
一、合同有明确约定的情况
固定金额：
- 如果合同中明确规定了每超期一天或每超期一个阶段应支付的固定违约金金额，如“每超期一天支付5000元”，则直接按照此标准计算并支付违约金。
比例计算：
- 若合同中以合同总价款、工程进度款或工程某个阶段款项的一定比例来计算违约金，如“按照合同总价款的每日0.1%计算”，则需根据合同总价及实际超期的天数来准确计算违约金金额。例如，合同总价5000万元，超期15天，则违约金为5000万 × 0.1% × 15 = 75万元。
二、合同没有约定或约定不明确的情况
实际损失赔偿：
- 当合同未对超期竣工违约金进行明确约定时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，受损方（通常是发包方）有权要求违约方（施工方）赔偿因超期竣工所造成的实际损失。这些损失可能包括但不限于额外费用支出（如现场管理人员的工资增加、办公费用额外支出等）、预期利益损失（如公路未能按时投入使用导致的收费损失）以及因工程延期导致与其他合作方的合同违约而支付的赔偿金等。
举证责任：
- 在这种情况下，发包方需要承担举证责任，证明上述损失的实际发生以及损失的具体金额。这可能需要通过相关证据材料（如财务报表、合同、收据等）来支持其主张。
违约金的调整：
- 如果双方对违约金的数额存在争议，或者约定的违约金过高或过低，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以请求法院或仲裁机构对违约金进行适当调整。调整时应综合考虑实际损失、过错程度以及合同履行情况等因素。
三、综合考量与协商
- 在缺乏具体约定或法律明确规定时，双方应通过友好协商解决违约金问题。这可能需要双方进行多次沟通和协商，以达成一个双方都能接受的解决方案。
- 必要时，可以引入第三方评估机构来客观评定损失，并据此确定合理的违约金数额。这有助于确保违约金的计算更加公正和合理。
四、建议
- 为避免未来纠纷，双方在签订合同时应详尽地规定超期竣工的相关条款，包括但不限于违约金的计算方式、支付条件及时间等。这可以确保合同的明确性与可执行性，减少因违约而产生的争议和损失。
综上所述，超期竣工违约金的计算方式需根据合同中的具体约定以及相关法律法规来确定。在面临实际违约情况时，应综合考虑合同条款、法律规定及实际情况，合理、公正地确定违约金的数额。