机关人员能诉讼确认事实劳动关系。

首先，根据《劳动合同法》第二条第二款的规定：“国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。”这表明，国家机关是可以作为劳动关系的主体的，与机关人员之间可以建立劳动关系。

其次，从实际案例来看，也存在机关人员与国家机关之间被确认为劳动关系的情况。例如，在某案例中，原告高某某与被告XX县城市管理行政执法局签订合同，从事城区清扫保洁工作，接受被告的管理。虽然被告将合同命名为劳务承包合同，但法院根据双方之间的实际关系，确认其为劳动关系。这表明，在实际操作中，机关人员与国家机关之间的劳动关系是得到法律认可的。

因此，如果机关人员与国家机关之间存在事实劳动关系，且双方对此有争议，机关人员完全可以通过诉讼的方式来确认这一劳动关系。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和实际情况，对劳动关系进行确认。

总的来说，机关人员能诉讼确认事实劳动关系，这是有法律依据和实际案例支持的。如果机关人员在这方面遇到问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。