自建房纠纷调解后可以申请司法确认。

司法确认程序是民事诉讼法规定的特别程序的一种，它是依据双方当事人的申请，对当事人在诉讼程序之外达成的民事调解协议进行自愿性、合法性的审查，并赋予其强制执行力的非讼程序。经过诉前调解成功的自建房纠纷案件，同样可以申请司法确认，以“诉前确”案号结案，这与民事调解书具有同等效力。

申请司法确认有以下几个优势：

1. 不收费：申请司法确认的案件，法院不收取任何费用，这有效降低了诉讼成本。
2. 效率高：没有一审、二审的繁琐程序，当事人申请司法确认后，法院通常在申请之日起十五日内作出是否确认的决定，整个程序在三十日内审结。
3. 可执行：如果一方不履行调解协议，另一方可直接向人民法院申请强制执行，无需再开具案件生效证明。

因此，在自建房纠纷调解后，为了保障调解协议的履行和强制执行效力，双方当事人可以向法院申请司法确认。这样不仅能确保调解成果得到有效落实，还能在发生争议时快速解决执行问题。