支付法院费用但未收到发票时，应积极与法院沟通索取发票，并考虑使用其他合法凭证作为替代，同时关注可能的税务处理。

一. 与法院沟通索取发票

首先，你应当积极与法院财务部门进行沟通，诚恳地请求他们提供正式的发票。发票是合法的记账凭证，对于企业的财务核算和税务申报具有至关重要的作用。如果法院因为某些原因暂时无法提供发票，你可以询问具体的提供时间或获取方式，并保留好相关的沟通记录作为备查。

二. 考虑使用其他合法凭证

如果与法院沟通后，确实无法取得发票，那么你可以考虑使用其他合法凭证来替代。例如，你可以要求法院提供收据，并在收据上注明收款单位名称（即法院名称）、支出项目（如诉讼费、执行费等）、收款金额以及收款日期等详细信息。这样的收据虽然不如发票正式，但在一定程度上也具有法律效力，可以作为你企业财务核算和税务申报的依据。

三. 关注税务处理

1. 小额费用：如果支付的法院费用属于小额零星支出，且每次支付金额未超过税务部门规定的小额标准（如500元），那么根据税务政策，你可能可以使用收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证。
2. 大额费用：如果支付的法院费用金额较大，且无法取得发票，那么这可能会对你的企业所得税扣除产生影响，进而带来税务风险。在此情况下，我建议你及时与当地税务机关取得联系，详细沟通并了解具体的税务处理要求和合规途径。税务机关可能会要求你提供相关的证明材料或进行特定的税务调整，以确保你的税务处理符合法律法规的要求。

综上所述，支付法院费用但未收到发票时，你应积极与法院沟通索取发票，并考虑使用其他合法凭证作为替代。同时，你还需要关注可能的税务处理，确保你的企业财务核算和税务申报符合法律法规的要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。