合作协议变成劳务纠纷时，可以通过以下几种方式来处理：
一、协商解决
首先，双方当事人应尝试通过友好的方式直接进行沟通交流，寻求达成一致的解决方案。这是成本最低、效率较高的方式，有助于维护双方的合作关系。在协商过程中，双方应坦诚相待，充分表达各自的诉求和立场，努力寻找共同点，以便达成和解。
二、调解处理
如果协商无果，双方可以选择寻求中立的第三方进行调解。这些第三方可以是相关行业协会、人民调解委员会等。在第三方的主持下，双方可以更加客观地分析纠纷原因，互谅互让，最终达成调解协议，化解纠纷。调解协议通常具有法律效力，双方应严格遵守。
三、仲裁途径
如果劳务合作协议中约定了仲裁条款，或者双方在纠纷发生后达成了仲裁协议，那么任何一方都可以将纠纷提交至约定的仲裁机构进行仲裁。仲裁具有专业性、高效性和保密性等特点，且一裁终局，能够快速解决争议。在申请仲裁时，双方应提交相关证据和材料，并按照仲裁机构的程序要求进行操作。
四、诉讼解决
如果协议中没有约定仲裁条款，或者仲裁协议无效，那么当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院会依据事实和法律规定进行审理，并作出判决。判决具有强制执行力，当事人必须履行。在诉讼过程中，当事人需要提交充分的证据来证明自己的主张，并积极参与庭审活动。
五、注意事项
在处理劳务合作协议纠纷时，当事人应注意以下几点：
综上所述，合作协议变成劳务纠纷时，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来妥善处理。在处理过程中，当事人应积极配合、保留证据，并努力寻求合法合规的解决方案。