针对您提出的“犯罪行为人因危害珍贵濒危野生动物系犯罪情节轻微自愿认罪认罚而做出不起诉的”情况，我可以从以下几个方面进行详细解答：

结论前置

在危害珍贵濒危野生动物犯罪中，若犯罪行为人犯罪情节轻微，并且自愿认罪认罚，检察机关有权根据具体情况作出不起诉决定。

详细解答

1. 法律依据：

   • 根据我国刑事诉讼法的相关规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
   • 在认罪认罚从宽制度中，犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。

2. 不起诉的具体条件：

   • 犯罪情节轻微：这是作出不起诉决定的前提条件。在危害珍贵濒危野生动物犯罪中，若行为人的犯罪行为情节较轻，如非法收购、运输、出售的野生动物数量较少，或者行为手段、后果不严重等，都可能被视为犯罪情节轻微。
   • 自愿认罪认罚：行为人必须自愿如实供述自己的罪行，并承认检察机关的指控，同时表示愿意接受处罚。这是认罪认罚从宽制度的核心要求。

3. 不起诉的程序：

   • 检察机关在受理案件后，会对案件进行全面审查，包括犯罪事实、证据材料以及行为人的认罪认罚情况等。
   • 若检察机关认为行为人的犯罪情节轻微，且自愿认罪认罚，符合不起诉条件，会依法作出不起诉决定。
   • 不起诉决定作出后，检察机关会向行为人及其辩护人送达不起诉决定书，并告知相关权利和义务。

4. 实际案例：

   • 以吴某某非法收购珍贵、濒危野生动物案为例，吴某某因非法收购一条红尾蚺被公安机关抓获。归案后，吴某某如实供述了犯罪事实，并自愿认罪认罚。检察机关经审查认为，吴某某的犯罪情节轻微，且符合认罪认罚从宽制度的条件，因此依法对其作出了不起诉决定。

5. 后续影响：

   • 对于被不起诉的行为人而言，虽然其犯罪行为得到了法律的宽恕，但并不意味着没有法律后果。行为人应当深刻反省自己的行为，加强法律学习，避免再次触犯法律。
   • 检察机关在作出不起诉决定后，也可能会对行为人进行一定的帮教和监督，确保其能够遵纪守法，回归社会。

综上所述，犯罪行为人因危害珍贵濒危野生动物系犯罪情节轻微自愿认罪认罚而做出不起诉的，是符合我国法律规定和司法实践的。若您或您身边的人面临类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务。